İstanbul Üniversitesi Veteriner Fakültesi'nin diploma verebilen herhangi bir bölümü yoktur. Fakülte'de akademik ve idari açıdan çalışmaların daha rahat ve verimli yürütülebilmesi için beş bölüm bulunmaktadır. Bu bölümler şunlardır;

1. Veteriner Hekimliği Temel Bilimleri Bölümü.

2. Klinik Öncesi Bilimler Bölümü.

3. Klinik Bilimler Bölümü.

4. Zootekni ve Hayvan Besleme Bölümü.

5. Besin / Gıda Hijyeni Teknolojisi Bölümü.