İstanbul Üniversitesi Veteriner Fakültesi'nin diploma verebilen herhangi bir bölümü yoktur. Fakülte'de akademik ve idari açıdan çalışmaların daha rahat ve verimli yürütülebilmesi için üç bölüm bulunmaktadır. Bu bölümler şunlardır;

1. Veteriner Hekimliği Temel Bilimleri Bölümü.

2. Hastalıklar ve Klinik Bilimleri Bölümü

3. Zootekni ve Hayvan Besleme Bölümü.